Arrêt de travail : 31 jours maximum depuis septembre 2026
Depuis le 1er septembre 2026, un médecin, un chirurgien-dentiste ou une sage-femme ne peut plus prescrire un arrêt de travail pour maladie de plus de 31 jours en première prescription, ni de plus de 62 jours par prolongation. Le décret n° 2026-498 du 12 juin 2026 fixe ces deux plafonds. Une durée plus longue reste possible, à condition d’être justifiée sur la prescription elle-même.
Pour un employeur, la règle ne retire aucun droit à indemnisation. Elle change le rythme. Les arrêts longs arrivent désormais par tranches, avec davantage de documents à recevoir, à contrôler et à répercuter en paie. C’est un sujet de process, pas de coût direct.
1. Ce que fixe exactement le décret du 12 juin 2026
Le décret n° 2026-498 du 12 juin 2026, publié au JORF n° 0137 du 13 juin 2026, s’intitule « décret relatif au plafonnement de la durée des arrêts de travail donnant lieu au versement d’indemnités journalières ». Il crée un article R. 162-1-7-1 du code de la sécurité sociale dont le texte tient en une phrase : « Les plafonds prévus aux articles L. 162-4-1 et L. 162-4-4 pour la durée des arrêts de travail prescrits par un médecin, un chirurgien-dentiste ou une sage-femme sont fixés à trente et un jours pour une première prescription et à soixante-deux jours pour une prolongation. »
Ces deux articles du code de la sécurité sociale ont été réécrits par l’article 81 de la loi de financement de la sécurité sociale pour 2026, la loi n° 2025-1403 du 30 décembre 2025. Le législateur renvoyait à un décret en Conseil d’État, avec un plancher : le plafond ne pouvait être inférieur à un mois pour une première prescription et à deux mois pour une prolongation. Le pouvoir réglementaire a retenu le minimum autorisé.
L’article 2 du décret règle la question de la date : « Les plafonds fixés à l’article R. 162-1-7-1 s’appliquent aux prescriptions et aux prolongations d’arrêt de travail établies à compter du 1er septembre 2026. » Un arrêt de trois mois prescrit le 20 août 2026 court donc jusqu’à son terme sans être remis en cause. Le même article précise que ces plafonds ne sont pas applicables à Mayotte.
L’article L. 162-4-1 autorise le prescripteur à déroger au plafond lorsqu’il justifie « de la nécessité d’une durée plus longue au regard de la situation du patient et en considération, lorsqu’elles existent, des recommandations établies par la Haute Autorité de santé ». La justification est portée sur la prescription elle-même. Ce n’est pas une demande d’autorisation préalable adressée à la caisse.
2. Qui est concerné, et ce qui reste hors du plafond
Le plafond pèse sur le prescripteur, pas sur le patient : médecin, chirurgien-dentiste, sage-femme. La notice du décret vise les assurés relevant du régime général et du régime des salariés agricoles, les non-salariés agricoles, ces trois professions de santé et les organismes chargés de la gestion des régimes obligatoires.
L’Assurance Maladie indique que le dispositif s’applique à l’exception des accidents du travail et des maladies professionnelles. Un certificat médical initial AT/MP n’obéit donc pas à ces plafonds, et la procédure AT/MP reste inchangée côté entreprise.
Le décret ne prévoit en revanche aucune exclusion pour les affections de longue durée. Un patient en ALD reçoit lui aussi des prescriptions plafonnées, la dérogation motivée servant de soupape. À ne pas confondre avec les règles de carence propres à l’ALD, qui, elles, ne bougent pas.
Deuxième nouveauté du même article 81 : le motif de l’arrêt doit être systématiquement précisé par le prescripteur, via le téléservice e-AAT sur amelipro ou son logiciel professionnel. Ce motif relève du service médical de la caisse et ne remonte pas à l’employeur.
Une autre limite, plus courte, existe par ailleurs pour les arrêts prescrits à distance. Le Code du travail numérique indique que la prescription initiale ou le premier renouvellement en téléconsultation ne peut pas dépasser 3 jours, sauf lorsque l’arrêt est prescrit ou renouvelé par le médecin traitant ou la sage-femme référente, ou lorsque le patient justifie de l’impossibilité de consulter en présentiel. C’est une règle distincte du décret du 12 juin.
3. Qu’est-ce que ça change pour l’employeur ?
Rien sur le fond du droit du travail. Tout sur le rythme administratif.
Un arrêt de six mois pouvait auparavant tenir en deux ou trois prescriptions. Hors dérogation, il en faut désormais au moins quatre. Chaque prolongation est un document supplémentaire qui doit arriver dans l’entreprise et être rapproché de l’absence enregistrée en paie.
Trois effets concrets sur la gestion des absences :
- Le suivi doit être daté au jour près. Une date de fin prévisionnelle erronée dans le logiciel de paie fausse le signalement DSN et retarde le versement des indemnités journalières au salarié.
- Le risque de trou entre deux prescriptions augmente mécaniquement. Si la prolongation est établie après la fin de l’arrêt précédent, la période non prescrite n’ouvre pas de droit à indemnisation et un nouveau délai de carence peut s’appliquer.
- Les relances au salarié deviennent une routine. Plus il y a de prolongations, plus il y a d’occasions de manquer l’envoi sous 48 heures.
Faut-il une attestation de salaire à chaque prolongation ?
Non. L’Assurance Maladie pose trois conditions cumulatives : motif identique, aucune interruption entre les prescriptions, durée totale inférieure ou égale à six mois. Dans ce cas, l’employeur en DSN se contente de modifier la date de fin prévisionnelle de l’arrêt dans son logiciel de paie.
Au-delà de six mois d’arrêt continu, la transmission doit être renouvelée : mise à jour de la date de fin prévisionnelle pour l’employeur en DSN, nouvelle attestation de salaire pour celui qui n’y a pas adhéré. Hors subrogation, le signalement DSN d’arrêt de travail reste dû dans les 5 jours suivant la connaissance de l’arrêt ; en cas de subrogation, l’Assurance Maladie demande une transmission le plus rapidement possible, sans délai légal chiffré. Une reprise anticipée se déclare dans les 5 jours suivant le retour du salarié.
4. Ce qui ne change pas : carence, indemnités journalières, 48 heures
Le décret encadre la durée des prescriptions. Il ne touche ni au calcul des prestations, ni aux obligations déclaratives, ni au maintien de salaire. Beaucoup de lecteurs supposent l’inverse, à tort.
- Le délai de carence reste de trois jours. L’Assurance Maladie le rappelle sur son espace entreprise : « Les 3 premiers jours d’un arrêt de travail pour maladie constituent le délai de carence pendant lequel l’indemnité journalière n’est pas versée. »
- L’indemnité journalière maladie reste égale à 50 % du salaire journalier de base.
- La limite d’indemnisation reste de 360 indemnités journalières sur trois années consécutives pour une maladie ordinaire.
- Le salarié conserve 48 heures pour adresser l’avis d’arrêt à sa caisse et à son employeur. La même règle vaut pour l’avis de prolongation.
- La subrogation fonctionne à l’identique : les indemnités journalières sont versées directement à l’entreprise dans les mêmes conditions.
- Le maintien de salaire légal de l’article L. 1226-1 du code du travail garde son délai de carence de 7 jours et sa durée de 60 à 180 jours selon l’ancienneté. Les conventions collectives plus favorables continuent de s’appliquer.
Le titre même du décret rattache le plafond au versement des indemnités journalières, et le Code du travail numérique en tire la conséquence : « Le respect de ces nouvelles règles de prescription est nécessaire pour bénéficier des indemnités journalières versées par l’Assurance Maladie. » Le montant des indemnités ne bouge pas, mais leur versement suppose une prescription conforme au nouveau cadre.
5. Tableau récapitulatif
| Situation | Durée maximale | Qui peut déroger | Ce que fait l’employeur |
|---|---|---|---|
| Première prescription (maladie) | 31 jours | Médecin, chirurgien-dentiste, sage-femme, avec justification portée sur la prescription | Signalement DSN d’arrêt de travail dans les 5 jours hors subrogation |
| Prolongation (maladie) | 62 jours par prolongation | Mêmes prescripteurs, mêmes conditions | Mise à jour de la date de fin prévisionnelle en DSN, sans nouvelle attestation |
| Arrêt continu de plus de 6 mois | Aucun plafond de durée cumulée | Sans objet | Transmission renouvelée : date de fin actualisée en DSN, nouvelle attestation hors DSN |
| Arrêt prescrit en téléconsultation | 3 jours (prescription initiale ou premier renouvellement) | Médecin traitant, sage-femme référente, ou impossibilité justifiée de consulter en présentiel | Vigilance sur une date de fin souvent très courte |
| Accident du travail, maladie professionnelle | Hors du dispositif | Sans objet | Procédure AT/MP inchangée |
| Reprise anticipée | Sans objet | Sans objet | Déclaration dans les 5 jours suivant le retour |
6. Exemple : un arrêt de sept mois vu du service paie
Un salarié d’une PME est arrêté à compter du lundi 14 septembre 2026, pour une pathologie qui ne relève ni d’un accident du travail ni d’une maladie professionnelle. Aucune dérogation n’est portée sur les prescriptions : le médecin s’en tient aux plafonds.
| Document | Période couverte | Durée | Action côté paie |
|---|---|---|---|
| Prescription initiale | 14/09/2026 au 14/10/2026 | 31 jours | Signalement DSN d’arrêt de travail dans les 5 jours hors subrogation |
| Prolongation n° 1 | 15/10/2026 au 15/12/2026 | 62 jours | Date de fin prévisionnelle actualisée en DSN |
| Prolongation n° 2 | 16/12/2026 au 15/02/2027 | 62 jours | Date de fin prévisionnelle actualisée en DSN |
| Prolongation n° 3 | 16/02/2027 au 18/04/2027 | 62 jours | Seuil des six mois franchi le 14/03/2027 : transmission renouvelée |
Soit 217 jours d’absence, quatre documents à recevoir et à contrôler, quatre échéances de 48 heures côté salarié. Sous l’ancien cadre, le même arrêt pouvait tenir en deux prescriptions de trois mois et demi.
Le nombre d’actes administratifs ne quadruple pas pour autant. Tant que la chaîne DSN reste continue, il n’y a qu’un seul signalement d’arrêt de travail, puis des mises à jour de date de fin. Le vrai risque est ailleurs : si la prolongation n° 2 est établie le 18 décembre au lieu du 16, les 16 et 17 décembre ne sont couverts par aucune prescription. L’arrêt est alors traité comme interrompu, avec les conséquences qui vont avec sur la carence et sur l’attestation de salaire.
7. Le dirigeant non salarié est-il concerné ?
Oui, en tant qu’assuré. L’Assurance Maladie applique la règle sur sa page consacrée aux indemnités journalières de l’artisan et du commerçant : depuis le 1er septembre 2026, « la durée de prescription d’un arrêt de travail ne peut excéder 31 jours pour une première prescription et 62 jours pour une prolongation ». Le plafond porte sur l’acte de prescription, indépendamment du statut du patient.
Ce qui en découle pour un travailleur indépendant :
- Même obligation de transmission de l’avis d’arrêt sous 48 heures à sa caisse, prolongation comprise.
- Conditions d’indemnisation inchangées : au moins 12 mois d’affiliation continus dans l’activité, indemnités dues à compter du 4e jour d’arrêt, indemnité journalière égale à 1/730e du revenu d’activité annuel moyen.
- Effet pratique principal : le calendrier médical. Une consultation de plus tous les deux mois devient nécessaire pour maintenir la couverture, et il n’y a personne pour la rappeler à un gérant qui pilote seul son entreprise.
Un dirigeant assimilé salarié, gérant minoritaire de SARL ou président de SAS, relève du régime général. Les mêmes plafonds de prescription lui sont opposables, et son entreprise doit établir l’attestation de salaire comme pour n’importe quel salarié dès lors qu’il est rémunéré.
8. Questions fréquentes
Un arrêt de plus de 31 jours est-il encore possible depuis le 1er septembre 2026 ?
Oui. Le prescripteur peut déroger au plafond en justifiant, sur la prescription elle-même, la nécessité d’une durée plus longue au regard de la situation du patient et des recommandations de la Haute Autorité de santé lorsqu’elles existent. Aucune autorisation préalable de la caisse n’est requise.
Le décret plafonne-t-il la durée totale d’indemnisation ?
Non. Il plafonne chaque prescription, pas la durée cumulée de l’arrêt. Pour une maladie ordinaire, la limite d’indemnisation reste de 360 indemnités journalières sur trois années consécutives.
Faut-il établir une nouvelle attestation de salaire à chaque prolongation ?
Non, tant que le motif est identique, qu’il n’y a aucune interruption entre les prescriptions et que la durée totale ne dépasse pas six mois. L’employeur en DSN modifie simplement la date de fin prévisionnelle de l’arrêt dans son logiciel de paie. Au-delà de six mois d’arrêt continu, la transmission doit être renouvelée.
Le délai de carence et le montant des indemnités journalières changent-ils ?
Non. Le délai de carence reste de trois jours et l’indemnité journalière maladie reste égale à 50 % du salaire journalier de base. Le décret encadre la durée des prescriptions, pas le calcul des prestations ni le maintien de salaire dû par l’employeur.
Les accidents du travail et les maladies professionnelles sont-ils concernés ?
Non. L’Assurance Maladie précise que les nouvelles règles s’appliquent à l’exception des accidents du travail et des maladies professionnelles. Le décret ne prévoit en revanche aucune exclusion pour les affections de longue durée : un patient en ALD reçoit lui aussi des prescriptions plafonnées, sauf dérogation motivée.
Un travailleur indépendant est-il soumis à ces plafonds ?
Oui. L’Assurance Maladie applique la règle aux artisans et commerçants : depuis le 1er septembre 2026, la durée de prescription ne peut excéder 31 jours pour une première prescription et 62 jours pour une prolongation. Ses conditions propres d’indemnisation, elles, restent inchangées.
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9. Références officielles
- Légifrance - Décret n° 2026-498 du 12 juin 2026 relatif au plafonnement de la durée des arrêts de travail donnant lieu au versement d’indemnités journalières
- Légifrance - Article R. 162-1-7-1 du code de la sécurité sociale
- Légifrance - Article L. 162-4-1 du code de la sécurité sociale
- Légifrance - Article L. 162-4-4 du code de la sécurité sociale
- ameli.fr - De nouvelles règles de prescription d’arrêt de travail en vigueur depuis le 1er septembre
- ameli.fr Entreprise - L’attestation de salaire à fournir en cas d’arrêt de travail
- ameli.fr Entreprise - Indemnités journalières maladie : conditions, calcul et versement
- ameli.fr - Indemnités journalières de l’artisan et du commerçant
- Code du travail numérique - Quelle est la durée maximale d’un arrêt de travail à partir du 1er septembre 2026 ?
- service-public.gouv.fr - Arrêt maladie : indemnités journalières versées au salarié